Da, plačevanje z Apple Pay je varno, saj se podatki o vaši plačilni kartici ne shranjujejo na Apple napravi niti se ne posredujejo trgovcu. Ob dodajanju kartice v Apple Wallet se kartica tokenizira, kar pomeni, da se številka kartice nadomesti z enoličnim identifikatorjem (žetonom). Vsaka transakcija je dodatno zaščitena z enkratno dinamično varnostno kodo.
Vsako plačilo morate potrditi z varnostnim mehanizmom svoje naprave, kot so Face ID, Touch ID ali geslo naprave. Za varno uporabo Apple Pay svojih osebnih, kartičnih in varnostnih podatkov (na primer PIN-a kartice ali CVC kode) nikoli ne delite z drugimi osebami in jih ne vnašajte v nepreverjene aplikacije ali spletne strani.